Investigación identificó estructura y diversidad genética del pepino de mar en Chile

Este análisis consideró seis localidades a lo largo de la costa nacional, donde se estudió en profundidad el pepino Athyonidiun chilensis.

Un reciente estudio titulado: “Estructura y diversidad genética del pepino de mar de importancia comercial Athyonidium chilensis a lo largo de la costa de Chile”, fue publicado en la revista científica Conservation Genetics. 

La investigación fue desarrollada por Francisco Silva, estudiante del Doctorado en Ciencias con mención en Biodiversidad y Biorecursos de la Universidad Católica de la Santísima Concepción (UCSC). Su director de tesis es el Dr. Antonio Brante y los codirectores la Dra. Carolina Aguirre y el Dr. Matías Hepp.

El pepino de mar es un biorecurso pesquero de interés comercial, el cual es extraído desde la década de los 90. Su principal mercado es Asia, donde se consume principalmente la pared corporal, ya que es considerado un alimento funcional. “El estudio surge con el objetivo de determinar el estado genético de este recurso a lo largo de la costa de Chile. Esta información es clave para establecer planes de manejo y medidas de administración pesquera”, contextualizó Francisco Silva.

La especie posee una amplia distribución geográfica, que va desde Ancón-Perú hasta Chiloé. Sus principales características son su gran tamaño y su abundancia en los ambientes submareales y pozas intermareales de la costa chilena. 

Metodología y principales resultados 

Se consideraron ejemplares de las localidades de Arica, Coquimbo, Valparaíso, Lenga, Valdivia y Chiloé, para el análisis. A cada ejemplar se le extrajo un trozo de tejido para luego extraer su ADN. Las muestras fueron enviadas a secuenciar a Macrogen Inc Chile, y luego chequeadas para su posterior análisis genético.

Esta investigación encontró dos grupos genéticos: uno norte y otro sur. El grupo del norte está conformado por las localidades de Arica, Coquimbo y Valparaíso, mientras que el sur, por las localidades de Valdivia y Chiloé. Esta diferencia entre grupos se debería a que a lo largo de la costa de Chile existen procesos oceanográficos importantes como las corrientes marinas y zonas de descarga de agua dulce.  “Estos fenómenos podrían estar modulando el patrón de dispersión de las larvas de A. chilensis, de la misma forma que se ha descrito para otras especies de invertebrados marinos con larvas con poca capacidad de dispersión, Adicionalmente, se encontró que el flujo génico es bidireccional, de sur a norte como de norte a sur. Este flujo es alto entre localidades cercanas y disminuye con el aumento de la distancia geográfica”, complementó. 

Durante el proceso de los análisis genéticos, se descubrió que un grupo no menor de ejemplares presentaron alrededor de un 95% de similitud genética con A. chilensis. Esto llevó a realizar un análisis filogenético con todas las muestras. “Con el análisis identificamos dos linajes, los cuales se diferencian genéticamente en un 5%, cifra que para el grupo de los Holotúridos es considerada alta, y que este hallazgo correspondería a otro linaje, por lo tanto, contaríamos con la presencia de una especie críptica. Se trata de una especie morfológicamente muy similar a A. chilensis, pero distintas en términos genéticos”, agregó.

Por tanto, existe la posibilidad de que el género no sea monoespecífico como se pensaba, es decir, que no hay una sola especie dentro del género. Esta presenta una amplia distribución geográfica al igual que A. chilensis, sin embargo, no se encontraron ejemplares de esta nueva especie en la localidad de Arica. Por otro lado, en la localidad de Lenga, la mayoría de los ejemplares correspondieron a la nueva especie. 

Importancia

Respecto a la relevancia de la temática, los resultados demostraron que los datos de desembarque pesquero de este recurso en Chile actualmente consideran ambas especies como una sola entidad, a pesar de su distinta naturaleza genética. Por lo tanto, la información disponible debe utilizarse con cautela en el futuro, especialmente al diseñar estrategias de gestión y conservación, considerando que ambos linajes comparten el mismo hábitat. 

Además, A. chilensis es una especie de importancia ecológica, al ser un estructurador de los sedimentos de los ambientes submareales y pozas intermareales de la costa chilena. También, es un recurso de importancia comercial al ser una fuente importante de nutrientes, alta en proteínas, baja en grasas y azúcares, que se exporta a mercados internacionales como Estados Unidos, China, México y Taiwán. 

“Adicionalmente, es una fuente natural de compuestos bioactivos, como las saponinas, las cuales tienen actividad anticancerígena en células de cáncer. Lo anterior, hace que este recurso sea atractivo para consumo humano, en especial en países asiáticos.  Por tanto, si no se toman en cuenta las poblaciones existentes y el nivel de estructuración genética de A. chilensis a lo largo de la costa de Chile, la extracción desmesurada y sin una medida de administración pesquera que la regule, se pone en riesgo al ecosistema en su conjunto con impactos ecológicos negativos”, señaló. 

A futuro, se planea entregar la información de cómo está estructurado genéticamente el nuevo linaje descubierto. “Quisiéramos aportar con este nuevo conocimiento, para que se haga uso responsable de este recurso a través del tiempo, ya que, en otras partes del mundo, la extracción desmedida de otras especies de Holotúridos, ha llevado a la sobreexplotación de estos recursos, con impactos negativos en los ecosistemas marinos. Sin el conocimiento clave como la estructuración y diversidad genética, es difícil establecer planes de manejo. Además, buscamos saber cómo responde este nuevo linaje”, cerró Francisco Silva.

Link del estudio disponible en: https://doi.org/10.1007/s10592-025-01679-1

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